פיקוח ובקרה ביחידת רשם העמותות תחום הפיקוח והבקרה ביחידת רשם העמותות התפתח באופן משמעותי במהלך השנים האחרונות.
הפיקוח והבקרה ביחידת רשם העמותות מתבצע באמצעות מחלקות המשנה הבאות:
מחלקת חקירות ותלונות – המחלקה עוסקת בבדיקת תלונות המתקבלות כלפי עמותות, ובביצוע חקירות של עמותות.
מחלקת תוכניות הבראה – המחלקה עוסקת בליווי תוכניות של עמותות שנמצאו בהן ליקויים. עמותות כאמור נדרשות לחתום על התחייבות לתיקון הליקויים ולמן דיווחים שוטפים לרשם העמותות באשר להתנהלותן.
מחלקת פירוקים ומחיקות – המחלקה עוסקת בהגשת בקשות לפירוק עמותות לבית המשפט, וייצוג רשם העמותות בהליכים המשפטיים, בליווי פירוקים מרצון, מחיקת עמותות, ומתן תגובות במקרים של בקשות להחייאת עמותות.
מחלקת ניהול תקין – המחלקה עוסקת בבדיקת פעילות עמותות, ברמות שונות של בדיקה. המחלקה מנפיקה מידי שנה אלפי אישורי ניהול תקין לעמותות, וזאת בעקבות החלטת ממשלה משנת 1998, על-פיה נדרש אישור כאמור לצורך קבלת תמיכות ממשרדי ממשלה, החלטה אשר תוקפה הורחב בהמשך אף לעניין התקשרות עם משרדי ממשלה למתן שירותים.
מחלקת ניהול תקין עומדת בחזית מאבקו של רשם העמותות על טוהר מידות במגזר השלישי בארץ, והמאמץ הממשלתי הכללי לוודא ככל האפשר כי ההטבות מהן נהנות עמותות רבות בארץ, בין אם בדמות של הקצבה ישירה, הקלות במס, יעוד קרקע ציבורית, או באחת מהדרכים הרבות האחרות בהן עמותות ניזונות מכספי ציבור, מתקבלת רק אצל עמותות אשר מתנהלות באופן תקין.
להלן נתונים סטטיסטיים של מחלקת ניהול תקין - רשם העמותות, לשנת 2005:
מס' עמותות בהן בוצעה בדיקה שוטפת: 2,500.
מס' עמותות בהן בוצעה בדיקת עומק: 767
מס' עמותות אשר הונפק להן אישור ניהול תקין סופי: 7,832
מס' עמותות אשר תוצאות הבדיקה ליקוי מהותי סופי: 1,942
מס' בדיקות בקרה חשבונאיות שבוצעו ע"י עובדי היחידה: 1,019
מס' ביקורות שטח בעמותות: 58